杨明耀表示，经常从网页上看到学校发展的近况，学校近年来变化之大、发展之快是有目共睹的，学校重视科研、重视人才的氛围是激励自己回国的主要原因。此外，自己是川农毕业的学生，是学校培育了自己，所以，他在多家单位中选择回到母校工作，为学校发展贡献力量，“争取为川农大争光。”他计划回校后教授本科生和研究生专业基础课，如分子遗传学，生物进化和发育演化学，英文文献阅读等。在科研上，主要是用果蝇作研究材料做进化，进行发育和遗传方面的研究；进化发育学方面,在DNA水平上，继续研究基因和基因顺式调控子在果蝇演化中的作用以及其调控对生物形态多样性的作用机制；从蛋白质水平上，如蛋白磷酸化等，研究蛋白调控在演化过程中对生物形态多样性的影响。同时，借助川农大动物遗传育种平台，开展动物分子遗传学研究，比如对畜禽重要经济性状的基因调控及遗传机制方面的研究。